למד ולימד במרוקו במשך שנים רבות ואף נשא בעול הנהגת הקהילה.
בשנת ה'תר"ף (1920) עקר מריסאני לעיירה בודניב יחד עם אחיו הבבא סאלי עקב הגזרות הקשות כנגד היהודים בעיירה ובפרט רצח אחיהם הגדול ר' דוד אבוחצירא על ידי השלטונות.
בשנת ה'תרצ"ו (1936) עבר להתגורר עם משפחתו בעיירה ארפוד שהייתה תחת שלטון צרפתי. שם ניהל את הקהילה וייצג אותה מול השלטונות.
בשנת ה'תש"ה (1945), כשהיה בן 50, עזב את מרוקו ועבר לגור בעיר אוראן שבאלג'יריה, שם התגוררו רבים שעקרו מממחוז תאפילאלת עקב הגזרות הקשות, וחשו בחסרון ההנהגה של ר' יצחק.ר' יצחק לא נשאר באוראן זמן רב כיוון שהחלה גאולתן של ישראל, וכעבור שלוש שנים בשנת ה'תש"ח עם הקמת מדינת ישראל עלה ארצה יחד עם בניו ובנותיו שנולדו לו במרוקו ובאלג'יר והשתכן במעברה בגבעת אולגה.
כשנודע לראשון לציון הרב בן ציון חי עוזיאל על בואו לארץ מיהר אליו לקבל פניו ולכבדו. הרב עוזיאל ראה בעיניו את הכבוד הגדול שרחשו לו תושבי האזור, כיצד היו מנשקים את ידיו, שולי גלימתו ואף את האדמה עליה דרך. הרב שידע על גדולתו הרבה ועל השתייכותו למשפחת אבוחצירא והעניק לו את מצנפת הרב הראשי שעל ראשו כדי שיהיה מכובד יותר מהרבנים האחרים. הרב עוזיאל ביקש למנותו לרב הראשי לרמלה ולוד והביא את הדברים לפני מועצת הרבנות הראשית, שם הייתה הסכמה מפה לפה על מינויו וכל זה בעידודו של הרב הראשי האשכנזי הרב יצחק אייזיק הלוי הרצוג.הרב שימש כרב העיר רמלה במשך כ-20 שנים ופעל רבות למען החינוך הדתי בעיר רמלה ובסביבותיה.
הרב אף מונה ליו"ר "ארגון הרבנים הספרדים ועדות המזרח בארץ ישראל", שייסד הראשון לציון הרב יצחק נסים. חברי הוועד באותה תקופה היו (בין השאר): הרב חיים דוד הלוי, רבה של בת ים הרב משה לוי ובנו של הבאבא חאקי, הרב אברהם אבוחצירא שהיה אז רבה של יבנה.
ביולי 1959 התמנה להיות חבר בוועדת החקירה הממלכתית לחקר אירועי ואדי סאליב[1], לצידם של משה עציוני, רם סולומון, חבר הכנסת יעקב קליבנוב ושמואל נח אייזנשטדט. ב-17 באוגוסט 1959 הגישה הוועדה בה היה חבר את מסקנותיה. אבוחצירא היה היחיד מבין חברי הוועדה שנולד בצפון אפריקה.
היה ידוע במופתיו ובברכותיו המועילות, וביתו היה פתוח לרווחה לכל מי שהיה זקוק לו.הרב היה ציוני נלהב וחזר ושנה בנאומיו שזמננו זה הוא זמן אתחלתא דגאולה[2].
היה מראשי תנועת המזרחי בישראל. הרב שלח את בניו ובנותיו לתנועת הנוער הציוני דתי בני עקיבא בעיר רמלה.
בנו בכורו מאשתו השנייה, אהרון אבוחצירא למד במחזור השני של ישיבת כפר הראה אצל הרב משה צבי נריה, ואף נשלח בשליחות אביו להצטרף למפד"ל וכיהן כשר הדתות במסגרת זו.
הרב תמך מעל כל במה בתנועת המפד"ל.
הרב היה חבר מועצת הרבנות הראשית.בתפקידו כחבר מועצת הרבנות הראשית דרש לאחר ניסי מלחמת ששת הימים קביעת הלל וקריאה בתורה בברכה ביום ירושלים.
אף במכתב לטוראי זאב לוין (לימים סגן אלוף הרב זאב לוין) כתב הרב בעניין יום העצמאות שאנו קוראים את ההלל ביום זה, שיש שמברכים שהחיינו ועל גילוח ותספורת אמר הרב שזה נתון לפי מצפונו של כל אדם והרגשתו.
במכתב לרב יהודה לייב פישמן מימון קרא הרב יצחק להקים את הסנהדרין (ע"פ פסיקת הרמב"ם) בראשות הראשון לציון דאז הרב עוזיאל, הרב הראשי דאז הרב הרצוג והרב מיימון. הרב קרא לכך באמרו: "מה גם אחר שזכינו בחסדי ה' ברוך הוא לתחיית עם ישראל ועצמאותו בארצו המעטירה, החובה מוטלת על כל הרבנים … להשתתף בשמחה של מצווה רבתי זו רבת הכמות והאיכות, מצוות עשה שהזמן גרמא".
הרב אף עודד לשמור על פסיקתו של הרב אברהם יצחק הכהן קוק להתיר מכירת קרקעות בשנת שמיטה, והוא ראה בזה שליחות גדולה לסייע בידיהם של החקלאים בארץ ישראל.
הרב נהג ללבוש ציצית עטורה בפתיל תכלת.בכ"ה באדר ב' ה'תש"ל (2 באפריל 1970) נהרג בתאונת דרכים בדרכו חזרה מנתיבות.
הרב היה בדרכו לרמלה לאחר שהשכין שלום בית בין איש לאשתו ולאחר שביקר את אחיו הבבא סאלי.
בהלווייתו השתתפו 20,000 איש ובהם נשיא המדינה זלמן שזר, הרבנים הראשיים יצחק נסים ואיסר יהודה אונטרמן והרב הראשי לצה"ל שלמה גורן.צאצאיו:
בניו
הרב אברהם אבוחצירא, המכונה "בבא הנא", שימש כרבה הראשי של הערים יבנה ורמלה
ר' פנחס אבוחצירא, שימש ראש המועצה הדתית באשדוד מטעם המפד"ל.
אהרן אבוחצירא, שימש כראש העיר רמלה כחבר כנסת וכשר הדתות מטעם המפד"ל.
הרב יחיאל אבוחצירא, משמש כיום כרב העיר רמלה, וראש מוסדות "אהל יצחק"
מאיר אבוחצירא
הרב שמעון אבוחצירא, ראש מוסדות "נר יצחק" בירושלים, ומהדיר ספרי ר' יעקב אבוחצירא.
בנותיו
חסידה בוסו, פלורה סודרי, רחל כנאפו, שמחה שושן, ברכה דהן וחיה רוטנמר.
בין נכדיו נמנים איציק סודרי דובר תנועת ש"ס ויהודית יוסף, כלתו של הרב עובדיה יוסף.